Le 11 février dernier, Inria, en partenariat avec Lyonbiopôle, a organisé une Rencontre Inria Industrie sur le thème "Bio-informatique et outils numériques pour les produits de santé". Après une matinée consacrée à des conférences, les participants ont pu découvrir les 25 démonstrations animées par des chercheurs Inria et 5 de leurs partenaires académiques et industriels. Consultez le catalogue présentant les logiciels Inria sur la thématique.
Catalogue logiciels "bio-informatique et outils numériques"
2. Aevol est une plate-forme de simulation de
l’évolution bactérienne : une population
d’organismes virtuels est soumise à un
processus de sélection et de variation, ce
qui engendre une dynamique Darwinienne.
Aevol permet d’étudier l’influence des
conditions de vie des organismes sur leur
évolution et, en particulier, sur les propriétés
de variabilité, de robustesse et d’évolvabilité
des génomes et des réseaux génétiques.
Aspects innovants : Aevol intégrant un
modèle précis de génome, il permet
d’étudier les variations structurelles des
génomes (nombre de gènes, synthénie,
proportion codante, …) en lien avec les
conditions de vie des organismes et avec les
taux de mutations et de recombinaison.
Langage, standard, environnement: Aevol
est codé en C++ et disponible sous Linux et
Mac OS.
Licence : libre (GNU GPL) , accord de licence
possible
Principaux domaines d’applications :
Biologie évolutive, microbiologie, santé. Une
version pédagogique permet de sensibiliser à
l’évolution de résistances aux antibiotiques.
http://www.aevol.fr
Partenaires académiques :
Contact : guillaume.beslon@inria.fr
Mots clés : Evolution, microbiologie,
simulation, vie artificielle.
3. BEAVer-Seg
L’algorithme « BEAVer-Seg » permet de
simultanément segmenter les vésicules et
estimer la composante fond.
Cette méthode ne nécessite qu’un seul
paramètre.
Aspects innovants :
Les opérations de segmentation de
vésicules et d’estimation de fond sont
formulées dans le cadre des champs
aléatoires conditionnels. Ces deux tâches
sont réalisées de manière alternée par la
minimisation d’une énergie qui s’appuie sur
l’algorithme min cut/max flow. Cette
approche exploite une mesure de détection
qui considère les contrastes d’intensité
entre groupes de pixels voisins.
Langage : C++
Mots clés : microscopie de fluorescence,
segmentation de vésicules, estimation du fond,
champs aléatoires conditionnels
Partenaires :
Principaux domaines d’applications :
microscopie, optique, biologie, santé
http://mobyle-serpico.rennes.inria.fr
Contact : charles.kervrann@inria.fr
4. BioASP
BioASP est un meta-package pour
créer un environnement dédié à
l’intégration et l’analyse de données en
biologie des systèmes, basé sur la
représentation des connaissances et
des technologies d’optimisation
combinatoire (ASP)
Aspects innovants :
Le logiciel fournit une collection d’application
python qui encapsulent des applications et
codes de programmation par ensemble-
réponse (ASP) permettant leur utilisation
par des non-experts.
Langage, standard, environnement : python
Mots clés: réseaux biologiques, biologie
intégrative, raisonnement, représentation des
connaissances, optimisation combinatoire,
Programmation par ensembles-réponses
Licence GPLv3
Principaux domaines d’applications :
Reconstruction de réseaux biologiques,
biologie environnementale, biomining,
cancérologie, design expérimental.
Partenaires académiques :
Contact : anne.siegel@inria.fr
http://aspforbiology.genouest.org/
6. BioGuide offre un guide de requêtes capable
d’accéder aux masses de données
hétérogènes stockées dans les sources de
données publiques. L’utilisateur n’a pas à
interroger les différentes sources et exprime
ses requêtes de façon simple, en
sélectionnant ses entités d’intérêt (Gène,
Maladie, Protéine…).
Aspects innovants : BioGuide prend en
compte les préférences de l’utilisateur quant
au type de sources à interroger et suit
différentes stratégies d’interrogations.
Langage, standard, environnement : Java
Web start
Mots clés : Interrogation de données
hétérogènes; préférences de l’utilisateur;
complémentarité des données
Licence : freeware
Principaux domaines d’applications :
Biomédical, recherche pharmaceutique.
Département recherche dans des hôpitaux.
Utilisation fréquente par l’Institut Curie.
http://www.bioguide-project.net
Partenaires académiques :
Contact : cohen@lri.fr
7. BioRica
Aspects innovants :
Son originalité est de proposer la composition
hiérarchique de modèles existants validés et d’y associer
une sémantique rigoureuse.
Les modèles Biorica sont hybrides : composés
d’éléments continus (décrits par des systèmes
d’équations différentielles), ou discrets (décrits par des
automates temporisés).
Principaux domaines d’applications :
BioRica est destiné à des biologistes cherchant à décrire
des phénomènes dynamiques complexes en réutilisant
au maximum des modèles existants validés.
Exemples d'application :
- Œnologie: Modélisation de la fermentation en fonction
des conditions de vinification,
- Modélisation d'un système immunitaire.
Langage : Python
Environnement : Windows, Unix et MacOS X
Licence : GPL/CeCILL
Mots clefs : Modèles hiérarchiques, modèles hybrides,
modèles stochastiques, Systems Biology
Partenaires académiques :
BioRica sert à décrire mathématiquement le
comportement de systèmes biologiques complexes.
C’est une plateforme logicielle permettant la simulation
de systèmes en biologie à partir de leur description. Il
permet de réutiliser des modèles biologiques existants et
de les combiner en modèles plus complexes.
Contact : David.Sherman@inria.fr
http://biorica.gforge.inria.fr/
8. caspo
Caspo est un logiciel pour l’apprentissage
de réseaux de signalisation sous la forme
d’un modèle booléen décrivant la réponse
immédiate d’un réseau.
Language, environment : python
Licence : GPLv3
Principaux domaines d’applications :
inférence de réseau biologique,
cancérologie, design expérimental.
http://caspo.genouest.org/
Partenaires académiques :
Contact : anne.siegel@inria.fr
Mots-clés : biologie des systèmes,
Programmation par ensembles-réponses,
réseau biologique, optimisation combinatoire,
représentation des connaissances,
raisonnement.
Aspects innovants :
Etant donné un réseau biologique décrit par
des relations de causalité, et des jeux de
données phospho-protéomiques, caspo
recherche les plus petits modèles boléens
logiques permettant d’expliquer les
réponses expérimentales observées.
9. Compareads
Analyse de la biodiversité à l’aide de
données métagénomiques
Compareads estime la similarité entre
deux échantillons métagénomiques.
Métagénomique comparative de-novo
(ne nécessite pas de références)
Aspects innovants : Le logiciel s’appuie sur
une méthode d’analyse innovante impliquant
une structure de données probabiliste.
Compareads traite directement les masses de
données issues des séquenceurs de dernière
génération.
Principaux domaines d’applications :
• Ecologie
• Santé
• Agronomie
Langage : C++
Environnement : Linux
Licence : logiciel libre sous licence CeCILL
Mots-clés : bioinformatique, biodiversité
Partenaires académiques :
http://team.inria.fr/genscale/software
Contact : dominique.lavenier@inria.fr
10. DIMOVO est un outil qui permet la
discrimination entre complexes biologiques
et contacts cristallographiques simples pour
les structures 3D des complexes protéiques.
Aspects innovants : Résultat simple et
rapide avec notion d’intervalle de confiance.
Basé sur une stratégie d’apprentissage
inédite dans le domaine et performante.
Langage, standard, environnement:
Serveur
Mots clés : assemblages macromoléculaires,
cristallographie, protéines.
Licence : Serveur:
Principaux domaines d’applications :
DIMOVO est destiné à être utilisé par les
expérimentalistes, cristallographes en
particulier.
http://albios.saclay.inria.fr/dimovo
Partenaires académiques :
Contact : julie.bernauer@inria.fr
x3
11. DiscoSNP
Découverte de SNPs sans génome
de référence
Le logiciel prend en entrée 1 à N jeux
de reads et retourne tous les SNPs
Les SNPs sont classés par ordre de
pertinence
Aspects innovants :
La recherche d’un motif spécifique dans un
graphe de de-Bruijn, construit directement à
partir des informations brutes de séquençage
(jeux de reads), sélectionne tous les SNPs
potentiels.
Principaux domaines d’applications :
Santé : cancer, maladie génétique
Agronomie : sélection végétale, sélection
animale.
Langage : C++
Environnement : Linux
Licence : logiciel libre sous licence CeCILL
Mots clés : SNP, bioinformatique
Partenaires académiques :
http://team.inria.fr/genscale/software
Contact : pierre.peterlongo@inria.fr
SNP : Single Nucleotide Polymorphism
12. Dynpeak est une boîte à outils Scilab pour
la détection de pulses et l'analyse
interactive des rythmes de sécrétion dans
les séries temporelles hormonales.
Aspects innovants : Prise en compte des
propriétés inhérentes aux évènements de
sécrétion (forme et demi-vie du pulse,
régularité des changements de rythmes, …)
Adaptation au caractère structurellement
sous-échantillonné des séries expérimentales.
Langage, standard, environnement :
module Scilab.
Licence : CeCILL
Principaux domaines d’applications :
endocrinologie, étude des rythmes de
sécrétion pulsatile d'hormones - en particulier
l'hormone hypophysaire LH (luteinizing
hormone).
Contact : Serge.Steer@inria.fr
Partenaires académiques :
Mots clés : rythmes biologiques, analyse de
séries temporelles, détection de pulses.
https://www.rocq.inria.fr/sisyphe
/paloma/dynpeak.html
13. Description des fonctions du logiciel :
• modèle 3D biomécanique de la souris
• analyse vidéo multi vues
• paramètres 3D physiologiques
Aspects innovants :
mesurer des paramètres 3D physiologiques
sur la souris à partir de la vidéo
Langage, standard, environnement :
C++, Multi plateforme
Licence : en cours de définition
Principaux domaines d’applications :
neurophysiologie, pharmacologie, etc
Partenaires académiques :
Inria, CNRS, Université Descartes, Institut
Clinique de la Souris (ICS)
Contact : lionel.reveret@inria.fr
http://morpheo.inrialpes.fr/people/reveret/eth
omice/
Mots clés :
Biomécanique, Analyse, Mouvement, Éthologie,
Souris
14. FELiScE
Langage, standard, environnement :
implémentation en C++, interfaçage avec
Python, intégration continue avec Buildbot,
algèbre linéaire avec PETSc, parallélisation
avec MPI. Systèmes Linux et MacOS.
Mots clés : éléments finis, modélisation
cardiovasculaire et respiratoire
Licence : GPL2
Principaux domaines d’applications :
écoulements sanguins, électrophysiologie
cardiaque, écoulements respiratoires.
Collaborations industrielles avec Air Liquide et
Notocord.
http://felisce.gforge.inria.fr
Partenaires académiques :
Aspects innovants :
Couplage multiphysiques (mécanique des
fluides et des solides, électrophysiologie,…),
interfaçage avec la bibliothèque d’assimilation
de données Verdandi, applications Web.
FELiScE est un environnement logiciel dédié
à la résolution par éléments finis d’équations
aux dérivées partielles. Il intègre de
nombreux éléments nécessaires à la
simulation des systèmes cardiovasculaires
et respiratoires.
Contacts : jean-frederic.gerbeau@inria.fr
dominique.chapelle@inria.fr
15. FluoBacTracker est un outil intégré pour
l’indentification et le suivi (tracking)
automatique des bactéries en croissance et
leur lignage dans des films de microscopie.
D’autre part, les marqueurs fluorescents
intracellulaires éventuels sont identifiés et
leur dynamique spatiale est caractérisée.
Aspects innovants :
Très peu de logiciels actuels sont capables
de faire tous les traitements effectués par
FluoBacTracker et seul FluoBacTracker les
fait de façon automatisée (en particulier
pour le lignage).
Langage, standard, environnement: Java,
Image J
Mots clés : Microbiologie, analyse d’image,
cellules uniques, diffusion intracellulaire
Licence : libre (GNU GPL), accord de licence
possible
Principaux domaines d’applications :
Microbiologie, santé, caractérisation de la
croissance bactérienne en cellules uniques,
trajectographie de particules uniques in vivo
https://gforge.inria.fr/projects/fluobt/
Partenaires académiques :
Contact : hugues.berry@inria.fr
16. GATB
Boite à outils pour l’assemblage de
génomes
Un jeu de logiciels performant pour
customiser l’assemblage de génomes
Logiciels rapide et à faible empriente
mémoire
Aspects innovants :
La suite logicielle s’appuie sur une structure
de données compacte permettant
l’assemblage de génome humain sur un
ordinateur personnel
Principaux domaine d’applications :
• Recherche en génomique/métagénomique
• Santé
• Agronomie, Ecologies
Langage : C++
Environnement : Linux
Licence : logiciel libre sous licence CeCILL
Mots clés : assemblage de génomes
Partenaires académiques :
http://team.inria.fr/genscale/software
Contact : dominique.lavenier@inria.fr
17. GeneValorization offre une interface simple
permettant à l’utilisateur de se rendre
compte rapidement d’à quel point un
ensemble de gènes est connu dans la
littérature pour être associé à un
phénomène biologique, par exemple, une
maladie. L’utilisateur fournit une liste de
noms de gènes qu’il étudie et un ensemble
de mots clés décrivant le contexte de
l’étude, GeneValorization fournit un tableau
synthétique et clair de résultats.
Aspects innovants : GeneValorization
recherche automatiquement et rapidement
les publications existantes qui mettent en
relation les mots clés et les noms de gènes.
Langage, environnement : Java Web Start
Mots clés : implication de gènes dans une
maladie; extraction automatique
d’informations de la bibliographie
Licence : freeware
Principaux domaines d’applications :
GeneValorization peut être utilisé pour
confirmer des hypothèses biologiques ou se
rendre compte qu’une corrélation (par
exemple gène-maladie) est originale.
Utilisation fréquente par l’Institut Curie.
http://www.bioguide-project.net/gv
Partenaires académiques :
Contact : cohen@lri.fr
18. Genouest
Plate-forme bioinformatique
Calcul, gestion des données,
développement, expertise, formation,
transfert technologique.
Certifiée ISO9001
Mettre une image
représentative
des fonctions du logiciel
Algorithmes pour l’analyse intensive de
séquences, modélisation des systèmes
biologiques, gestion des données
biologiques
Langage, standard, environnement :
Cluster de calcul, stockage de données,
cloud computing
Licence :
Les logiciels développés par la plate-forme
(SeqCrawler, BioMAJ) sont sous licence libre
Principaux domaines d’applications :
Analyse de données biomoléculaires:
Agronomie, Mer, Santé, Environnement
http://www.genouest.org
Partenaires académiques :
Contacts : Olivier.Collin@irisa.fr
Jacques.Nicolas@inria.fr
19. Genetic Network Analyzer (GNA) est un
outil informatique pour la modélisation et la
simulation de réseaux de régulation
génique. L’objectif de GNA est d’assister les
biologistes et les bioinformaticiens dans la
construction d’un modèle d’un réseau de
régulation et d’analyser son comportement
dynamique de façon qualitative
Aspects innovants :
GNA permet d’analyser la dynamique d’un
réseau de régulation génique sans
informations quantitative sur les valeurs de
paramètres.
Langage, standard, environnement : Java
Mots clés : réseaux de régulation génique,
modélisation et simulation
Licence : GNA est distribué par la société
Genostar SA, qui l’a intégré dans son
environnement pour l’analyse comparative de
génomes, protéomes et métabolomes.
Principaux domaines d’applications :
GNA a été utilisé pour analyser des réseaux
de régulation microbiens, dans la recherche
fondamentale et appliquée.
http://ibis.inrialpes.fr
Partenaires académiques :
Contact : hidde.de-jong@inria.fr
20. Graphite - LifeExplorer propose une
interface intuitive pour la modélisation
de complexes cellulaires impliquant
plusieurs protéines et des brins d’ADN.
Il permet en particulier de produire des
surfaces triangulées de protéines de
bonne qualité et propose un puissant
outils de modélisation de brin d’ADN.
Aspects innovants : La modélisation d’un
brin d’ADN dans l’espace est très intuitive
puisqu’il suffit à l’utilisateur de spécifier l’axe
du brin au moyen d’une courbe de Bézier,
fermée ou non. La position des atomes est
alors automatiquement calculée et peut être
affinée si besoin.
C++/Python. Linux, MacOSX, Windows
Mots clés : Modélisation spatiale de ‘ADN
Licence : libre
Principaux domaines d’applications :
- modélisation de complexes cellulaires pour
émettre des hypothèses sur leur structure.
- illustration scientifique
http://www.lifeexplorer.eu/download/graphite
Partenaires académiques :
Fondation Fourmentin-Guilbert
Contact : samuel.hornus@inria.fr
21. HotSpotDetection
L’algorithme « HotSpotDetection » permet
de détecter des zones d’accumulation de
fluorescence au cours du temps en vidéo-
microscopie optique.
Les cartes de détections cumulées mettent
en évidence les régions d’intérêt de manière
fiable. En pratique, cette méthode
nécessite le réglage que d’un seul
paramètre: une probabilité de fausse
alarme.
Aspects innovants :
La régularité de l’intensité au cours du
temps est mesurée dans un cadre
markovien. Au lieu de considérer des
interactions locales ponctuelles entre pixels,
une mesure de détection considérant les
interactions entre groupes de pixels est
choisie. La propriété de redondance et la
représentation en groupes de pixels sont
exploitées pour détecter des motifs spatio-
temporels rares dans la séquence d’images
de microscopie de fluorescence.
Langage : C++
Mots clés :
microscopie de fluorescence, détection,
champs aléatoires markoviens
Partenaires :
Principaux domaines d’applications :
microscopie, optique, biologie, santé
http://mobyle-serpico.rennes.inria.fr
Contact : charles.kervrann@inria.fr
22. HullkGround
L’algorithme « HullkGround » permet de
décomposer une séquence d’images de
microscopie optique de fluorescence en 2
sous-séquences:
1) une séquence d’images identifiant les
« objets mobiles »
2) une séquence d’images identifiant le
« fond » qui varie lentement au cours du
temps
Aspects innovants :
Chaque signal temporel de la sequence est
traité individuellement et analysé avec des
outils de géométrie computationnelle.
L’enveloppe convexe est estimée
automatiquement en chaque pixel et soustraite
au signal original. La méthode est non-
supervisée et ne requiert aucun ajustement de
paramètre.
Langage : Java, C++
Mots clés : microscopie de fluorescence,
séparation objets/fond, enveloppe convexe
Numéro du dépôt APP :
IDDN.FR.001.400005.000.S.P.2009.000.21000
Partenaires :
Principaux domaines d’applications :
microscopie, optique, biologie, santé
http://mobyle-serpico.rennes.inria.fr
Contact : charles.kervrann@inria.fr
23. Kbdock
Kbdock est une approche fondée sur le
raisonnement à partir de cas pour la
modélisation des interactions protéine-
protéine. Les solutions peuvent être
affinées et classées en utilisant notre
logiciel de docking “Hex”.
Aspects innovants : Kbdock utilise 240 000
interactions domaine-domaine 3D de la Protein
Data Bank et les classe par famille Pfam. Il utilise
notre nouveau logiciel d'alignement de structures
"Kpax" pour trouver des templates hors de portée
pour les méthodes basées sur les sequences.
Langage, standard, environnement : Construit
avec PHP, Prolog, C, MySQL; fonctionne sur tout
navigateur web.
Licence : gratuit pour une utilisation académique.
Principaux domaines d’applications : La
modélisation par homologie des interactions de
protéines, la proposition des cibles
médicamenteuses.
http://kbdock.loria.fr
Partenaires académiques:
Contact : dave.ritchie@inria.fr
Mots clés : interactions protéine-protéine,
l'amarrage de protéines, la modélisation par
homologie des complexes de protéines.
24. Logol
Identification de motifs dans des
séquences d'ADN/ARN/protéines, à l’aide
de patterns très expressifs :
combinaison de motifs, structures (tige-
boucles, répétitions), indel etc.
Logol = «couteau Suisse» du pattern
matching
Aspects innovants :
- Reconnaissance de pseudo-nœuds
- Formalisme grammatical puissant
(grammaires faiblement contextuelles)
- Analyse plein génome
Langage, standard, environnement :
Langages : Java, Prolog, Ruby
Sur : console, environnement web
Licence CeCILL v2
Principaux domaines d’applications :
- Recherche de sites de fixation mutés
- Identification de tige-boucles (e.g. dans les
CRISPR cf http://crispi.genouest.org/)
http://logol.genouest.org/web/app.php/logol
Partenaires académiques :
Contact: catherine.belleannee@irisa.fr
Mots clés : Reconnaissance de motifs
structurés, analyse syntaxique de séquence
25. MLXPlore est un logiciel d’exploration
graphique et interactive de modèles
complexes, notamment en pharmacométrie.
MLXPlore permet d’étudier la variabilité
statistique des modèles, et de modéliser
différents designs de traitement (planning des
doses, dosages, type d’administration…)
MLXPlore est développé et distribué par
Lixoft, spin-off d’Inria.
Aspects innovants :
Calcul temps-réel des prédictions des modèles,
et des effets des traitements; description et
étude des sources de variabilité statistique,
graphiques complets, animation de systèmes
dynamiques, langage MLXTRAN
spécifiquement adapté à la description de
modèles.
Multiplateformes, développé en C++, 32/64
bits, stations de travail et cluster.
Mots clés : Langage MLXTRAN, variations
inter-individuelles, modèles à équations
différentielles, PKPD, design de traitement.
Licence : gratuite pour utilisateurs
académiques, commerciale pour entreprises
Principaux domaines d’applications :
Tout domaine de modélisation de données
longitudinales, avec ou sans variabilité
statistique, analyse de populations (pharma,
vétérinaire, immunologie, agro-alimentaire…).
http://www.lixoft.com
http://team.inria.fr/popix
Contact : marc.lavielle@inria.fr
26. Monolix est un logiciel de référence pour
modéliser le médicament, la maladie
(modèles pharmacométriques) et les essais
cliniques (populations de patients). Il permet
de caractériser finement les paramètres de
populations et les variations inter-
individuelles. Monolix est issu de travaux
autour de l’algorithme d’estimation statistique
SAEM et est devenu une plateforme
complète pour l’industrie pharmaceutique.
Monolix est maintenant développé et distribué
par Lixoft, spin-off d’Inria.
Aspects innovants :
Algorithmes d’estimation statistique (SAEM)
robustes, performants et adaptés aux modèles
complexes, graphiques puissants pour le
diagnostic des modèles et des variations inter-
individuelles, langage MLXTRAN
spécifiquement adapté à la description de
modèles
Multiplateformes, développé en Matlab et C++
(pas de licence Matlab nécessaire), 32/64 bits,
stations de travail et cluster.
Mots clés : effets mixtes, SAEM, essais
cliniques, pharmacométrie, PKPD, langage
MLXTRAN
Licence : gratuite pour utilisateurs
académiques, commerciale pour entreprises
Principaux domaines d’applications :
Conduite des essais cliniques: logiciel très
répandu dans l’industrie pharmaceutique.
Tout domaine combinant modélisation avec
analyse statistique des populations (humaine,
cellulaire, animale, plantes –semences,
engrais, etc.)
http://www.lixoft.com
http://team.inria.fr/popix
Contact : marc.lavielle@inria.fr
27. Motion2D
L’algorithme « Motion2D » permet d’estimer
le mouvement dominant dans une
séquence d’images.
L’approche repose sur des techniques
d’estimation robuste, multi-résolution et
incrémentale de modèles 2D paramétrés
de mouvement, exploitant les gradients
spatio-temporels de l’intensité d’une paire
d’images.
Aspects innovants :
La méthode Motion2D permet d’estimer
plusieurs types de modèles de mouvement:
modèle constant (translation), affine et
quadratique. Elle tient compte des variations
globales d’illumination.
Langage : C++
Mots clés :
Estimation du mouvement, modèles
paramétriques, compensation du mouvement
Licence : Inria
Principaux domaines d’applications :
Vision par ordinateur, vidéo-surveillance,
biologie, santé
http://mobyle-serpico.rennes.inria.fr
Contact : patrick.bouthemy@inria.fr
Numéro du dépôt APP :
IDDN.FR.001.520021.001.S.A.1998.000.21000
28. MS-Detect
L’algorithme « MS-Detect » permet de
détecter des objets mobiles dans des
séquences d’images par soustraction de
fond.
Cette méthode fournit à chaque instant la
carte binaire des objets mobiles et l’image
de reconstruction du fond statique.
Aspects innovants :
Le point-clé est de définir un unique processus
aléatoire qui prend en compte deux types de
valeurs: un processus symbolique pour la
détection de mouvement et un processus
numérique pour l’estimation de l’intensité du
fond. Nous avons donc considéré un champ
aléatoire conditionnel à états mixtes. La
séparation objet/fond est obtenue en
minimisant la fonction d’énergie résultante.
Langage : C++
Mots clés : champ aléatoire conditionnel à
états mixtes, détection de mouvement,
soustraction de fond
Partenaires :
Principaux domaines d’applications : vision
par ordinateur, vidéo-surveillance, biologie,
santé
http://mobyle-serpico.rennes.inria.fr
Contact : patrick.bouthemy@inria.fr
29. ND-SAFIR
L’algorithme « ND-SAFIR » est un logiciel
de débruitage d'images n-dimensionnelles
particulièrement dédié à l'analyse de
séquences d'images de microscopie
optique de fluorescence et la reduction
du bruit Poisson-Gaussien.
Aspects innovants :
La méthode ND-SAFIR est capable de traiter
des images 2D, 3D, 2D+temps, 3D+temps qui
présentent un ou plusieurs canaux de couleur.
Cette méthode est adaptée aux bruits
Gaussien et Poisson-Gaussien qui sont
habituellement rencontrés dans l'imagerie
photonique.
Langage : C++
Mots clés :
Débruitage, analyse d’images, imagerie
photonique, microscopie de fluorescence
Licence : INRIA-INRA
Principaux domaines d’applications :
microscopie, optique, environnement, biologie,
santé
http://mobyle-serpico.rennes.inria.fr
Contact : charles.kervrann@inria.fr
APP deposit number:
IDDN.FR.001.190033.002.S.A.2007.000.21000
Partenaires :
30. OpticalFlow
L’algorithme « OpticalFlow » est une
méthode d’estimation du flot optique entre
une paire d’images.
Aspects innovants :
La méthode résulte de la fusion de deux
méthodes existantes qui ont montré de bonnes
performances en calcul de flot optique. En pré-
traitement, une étape d’égalisation
d’histogramme ainsi qu’une compensation du
mouvement dominant sont proposées de
manière optionnelle.
Langage: C++
Mots clés : flot optique, analyse d’images,
égalisation d’histogramme, compensation de
mouvement
License : Inria
Partenaire :
Principaux domaines d’applications :
vision par ordinateur, biologie, santé
http://mobyle-serpico.rennes.inria.fr
Contact : charles.kervrann@inria.fr
31. OSON :
outil de simulation en
oncologie
À partir d'une série d'images médicales (IRM,
Scanners), cette méthode permet de construire un
modèle mathématique personnalisé du patient qui
prend en compte le type de tissus atteints
(poumon, cerveau...), le type particulier de tumeur
et certains paramètres propres au patient.
Aspects innovants :
Traitement optimisé des résultats
d’imagerie fonctionnelle
Outil parallèle donc possibilité d’augmenter
le nombre de tests et donc la fiabilité des
résultats
Méthode d’aide à la décision personnalisée
Mots clés : Oncologie, cancer, simulation,
logiciel
Licence : propriétaire
Principaux domaines d’applications :
Santé, milieu médical
Contact : marianne.lamour@inria.fr
32. PLAST
Comparaison de banques de
séquences génomiques
PLAST est jusqu’à 25 fois plus rapide que
BLAST à sensibilité égale.
Aspects innovants :
Le logiciel PLAST repose sur un moteur de
comparaison de séquences innovant et qui
exploite de manière optimale tous les niveaux
de parallélisme des microprocesseurs récents
Principaux domaines d’applications :
•Génomique & Métagénomique
•Traitement des données NGS
•Taxonomie, Phylogénie
Langage : C++
Environnement : Linux, Windows, Mac
Licence : logiciel libre sous licence CeCILL
Mots clé : bioinformatique
Partenaires académiques :
http://team.inria.fr/genscale/software
Contact : dominique.lavenier@inria.fr
33. POGG
POGG permet de classifier l’importance
et la sensibilité des interactions dans un
réseau de régulation vis-à-vis de
l’observation temporelle et quantitative
d’un phénotype à une échelle supérieure.
Mettre une image
représentative
des fonctions du logiciel
Aspects innovants :
Résolution de problèmes non linéaires pour
apprendre puis explorer la famille des
chaines de Markov avec coûts dont le
comportement asymptotique est consistant
les observations quantitatives à l’échelle
biologique supérieure.
Langage, environnement : Matlab
Mots-clés : Intégration multi-échelle,
systèmes biologiques, chaines de Markov.
Licence: CeCiLL
Principaux domaines d’applications :
Biologie des systèmes, interactions
sensibles, modèles d’entropie maximale,
étude de langages naturels.
http://pogg.genouest.org
Partenaires académiques :
Contact : Jeremie.Bourdon@inria.fr
34. Protomata-Learner
Apprentissage de la signature spécifique
d'une famille fonctionnelle de protéines
à partir de séquences non alignées par
alignement multiple « local partiel » et
modélisation par automate
Aspects innovants :
Premier outil de caractérisation syntaxique
de protéines identifiant et modélisant
l’enchaînement de blocs de conservations
sur des sous-ensembles de séquences
Principaux domaines d’applications :
Recherche de nouveaux membres ou étude
(par exemple, pour mutagenèse dirigée) de
familles et sous-familles fonctionnelles de
protéines non nécessairement homologues :
enzymes, signalisation, transport,...
Langage, environnement :
C++, Python, Linux
Mots clés :
Bioinformatique, Apprentissage Automatique
Licence :
Libre Cecill
Partenaires académiques :
http://tools.genouest.org/tools/protomata
Contact : francois.coste@inria.fr
35. SAMSON
Plateforme logicielle pour la modélisation
et la simulation en temps réel de
nanosystèmes, naturels ou artificiels.
Langage, standard, environnement :
C++, disponible pour Windows, Unix and Mac
OS X.
Mots clés : Modélisation, Simulation,
Nanosystèmes, Biologie Structurale, Chimie.
http://nano-d.inrialpes.fr/software/
La spécificité de SAMSON réside en
l’intégration de méthodes de simulation
pendant la phase de modélisation : les
algorithmes de simulation adaptative et
interactive fournissent des informations
immédiates sur les conséquences des choix
de modélisation.
Partenaires académiques :
Contact : Stephane.Redon@inria.fr
36. SEGSIG est un logiciel de segmentation de
signaux et de données longitudinales:
enregistrements (géophysique, météo,…),
séries financières, signaux médicaux (ECG,
EEG, …), données génomiques (puces
aCGH), etc.
SEGSIG est développé par l’équipe Inria
POPIX.
Aspects innovants : Différents types de
rupture peuvent être détectés (moyenne,
variance, spectre,…). Méthode de sélection de
modèle pour estimer le nombre de segments.
Extension à de très longues séries au moyen
d’un algorithme de type LASSO.
Développé en Matlab (interface graphique et/ou
mode commande).
Mots clés : segmentation automatique de
signaux, détection de ruptures, sélection de
modèle, LASSO.
Licence : libre
Principaux domaines d’applications :
Tout domaine de modélisation de données
longitudinales qui présentent des ruptures (bio-
médecine, bio-informatique, géophysique,
finance,…
http://team.inria.fr/popix
Contact : marc.lavielle@inria.fr
37. Verdandi est une bibliothèque C++ de
méthodes d'assimilation de données. Ces
méthodes permettent de coupler un ou
plusieurs modèles numériques et des
données d'observation. Verdandi propose
aussi des outils pour faciliter la mise en
place de l'assimilation, notamment pour la
gestion des observations et l'estimation des
incertitudes a priori. Le logiciel peut être
utilisé avec des modèles écrits en Fortran,
C, C++ ou Python.
Aspects innovants :
La généricité de la bibliothèque la rend
adaptée à un large spectre de modèles
(langage, types des données, parallélisation,
...). Les performances de calcul ne sont pas
diminuées par cette généricité.
Langage, standard, environnement: Python,
C++, Linux/MacOS/Windows
Mots clés: Composants Logiciels, HPC
Licence GNU LGPL, version 2.1 ou ultérieure
Principaux domaines d’applications :
Utilisation avec tout modèle, généralement de
grande dimension, à coupler avec des
observations, pour l'estimation d'état ou la
modélisation inverse.
http://verdandi.gforge.inria.fr/
Contact : verdandi-help@lists.gforge.inria.fr
Concentrations de dioxyde d'azote sur Clermont-Ferrand
après assimilation des observations (disques)
38. Ensemble de nœuds KNIME* permettant
de paramétrer et d’effectuer un
apprentissage par programmation logique
inductive (PLI) à partir d’une base de
données relationnelle et de stocker les
règles logiques obtenues dans la base de
données.
Aspects innovants :
- Faciliter le déploiement de la PLI
- Permettre l'enchaînement de plusieurs
analyses
Langage, standard, environnement :
Java, Prolog, KNIME
Mots clés : PLI, Workflows
Licence : GPL V3
Principaux domaines d’applications :
Apprentissage de concepts à partir d’objets,
de leurs propriétés, de leurs relations et de la
connaissance du domaine (e.g., chémo-
informatique, biologie structurale, bio-médical)
Partenaires académiques :
Contact : malika.smail@inria.fr
* KNIME pour Konstanz Information Mine
KNIME est une plateforme d’intégration, de
préparation, d’analyse et d’exploration des données
www.knime.org
39. YALTA est un outil dédié à la stabilité des
systèmes à retards classiques et fractionnaires
donnés par leur fonction de transfert.
Il s’adresse aux systèmes soumis à des
retards de communication constants ou
distribués ainsi qu’aux systèmes modélisant
des problèmes de transport.
Aspects innovants :
YALTA permet de suivre le déplacement
des pôles lorsque le retard varie, fournit les
fenêtres de stabilité du système ainsi
qu’une approximation du système de
dimension finie.
).
Licence : propriétaire
Principaux domaines d’applications :
YALTA permet d’analyser des systèmes de
l’ingénierie ou de la médecine (dynamique des
populations de cellules par exemple)
https://gforge.inria.fr/projects/yalta-toolbox/
Partenaires académiques :
Contact : catherine.bonnet@inria.fr
Langage, standard, environnement :
Matlab
Mots clés : retard, stabilité, robustesse