La Fondation LISEA Carbone a pour objet de financer des projets liés à la réduction des émissions de gaz à effet de serre au sein des départements traversés par la LGV SEA. La fondation s'est tourné vers 3 axes : la performance énergétique des bâtiments, l'écomobilité, et la transition énergétique du monde agricole.
La dotation de la Fondation est de 5 millions d’euros pour la période 2012-2017.